5  Tirer profit de Rstudio

Dans cette formation, l’environnement que nous utiliserons par défaut pour programmer en R est l’environnement de développement intégré Rstudio.

Rappelons, comme déjà mentionné en Section 2.2, que ce n’est absolument pas le seul choix possible, pas même nécessairement le meilleur : cela dépendra des préférences (et des choix philosophiques) de chacun.

Donnons ci-dessous quelques unes des fonctionnalités utiles de cet EDI. Vous trouverez bien entendu des fonctionnalités équivalentes avec n’importe quel autre EDI mentionné en Section 2.2.

5.1 Faciliter la saisie de code

• Rstudio possède des fonctionnalités d’auto-complétion de code, qui sont paramétrables dans le menu “Tools > Global Options > Code > Completion”.
• Une autre fonctionnalité utile pour gagner du temps est la présence de code snippets, dont on peut consulter (et augmenter) la liste dans le menu “Tools > Edit Code Snippets”.

5.2 Faciliter l’exécution du code

Outre le raccourci Ctrl + Entrée pour exécuter une instruction donnée d’un fichier de script, d’autres raccourcis clavier peuvent se révéler utiles :

• Ctrl + Alt + R pour exécuter la totalité d’un fichier de script ;
• Ctrl + Alt + B pour exécuter la portion de script comprise entre le début du fichier et la position actuelle du curseur.

Les nombreux autres raccourcis clavier peuvent être consultés dans le menu “Tools > Keyboard Shortcut Help”.

5.3 Faciliter l’accès à la documentation

Lorsque vous positionnez votre curseur à n’importe quel endroit du nom d’une fonction R dans votre fichier de script, un appui sur F1 vous ouvrira l’aide de la fonction correspondante. (Cela vous évite d’avoir à appeler manuellement la fonction help() dans la console R.)

5.4 Travailler en mode projet

On complète ici quelques informations déjà données en Section 2.3.

5.4.1 Répertoire courant

En R la notion de répertoire courant désigne :

• philosophiquement, le dossier où va se situer la totalité de votre analyse en cours, et que vous aurez par exemple organisé d’une manière similaire à celle suggérée en Section 2.3 ;
• techniquement, le dossier-racine à partir duquel vous pourrez indiquer des chemins relatifs vers vos fichiers plutôt que des chemins absolus.

5.4.2 Chemins absolus et relatifs

Rappelons qu’un chemin absolu est un chemin de la forme :

• ~/Documents/ProjetR/data/tableau.csv (sous Linux) ;
• C:/Utilisateurs/Toto/Documents/ProjetR/data/tableau.csv (sous Windows).

Autrement dit, il s’agit d’une adresse complète, non ambigue et non dépendante d’un contexte, permettant d’accéder à un fichier sur un ordinateur.

À l’inverse, un chemin relatif dépend d’un contexte : il prend un emplacement de l’ordinateur comme point de départ de référence, et indique ensuite les chemins des autres fichiers par rapport à ce point de départ. Par exemple, si l’on prend le dossier C:/Utilisateurs/Toto/Documents/ProjetR comme point de départ (i.e., comme répertoire courant), alors le fichier CSV aura comme chemin relatif ./data/tableau.csv.

Bonne pratique

Il est toujours préférable d’utiliser des chemins relatifs plutôt que des chemins absolus dans des scripts (voyez-vous pourquoi ?).

Sous Rstudio, on peut changer manuellement le répertoire courant de la session via le menu “Session > Set Working Directory”. Une fois ceci fait, on peut écrire et exécuter le script en n’utilisant que des chemins relatifs pour les fichiers utilisés dans ce script.

5.4.3 Projets .Rproj

L’intérêt d’utiliser un projet Rstudio est (notamment) de faciliter cette opération de définition d’un répertoire courant : lorsqu’un fichier projet .Rproj figure dans un répertoire, ouvrir Rstudio en double-cliquant sur de fichier permet de définir immédiatement ce dossier comme répertoire courant, sans manipulation supplémentaire requise.

Il existe ceci dit bien d’autres avantages à travailler en mode projet, qui dépassent l’objet de cette formation.