Initiation à R

Auteur·rice
Affiliation

Frédéric Santos

CNRS, Univ. Bordeaux, MCC – UMR 5199 PACEA

Date de publication

22 avril 2025

Présentation

Cette formation d’initiation (prévue pour environ 14 heures) fournit les premières bases d’utilisation de R et de son environnement. En revanche, il ne s’agit pas d’une introduction à la statistique : on ne parlera ici que de logiciel, de programmation, et de bonnes pratiques d’écriture de code et d’organisation du travail.

Logiciels nécessaires

Afin de suivre la formation dans les meilleures conditions, les logiciels listés ci-dessous devront être installés en amont sur votre ordinateur.

Alternativement, en cas de problème d’installation, vous pourrez aussi utiliser une session Rstudio directement dans votre navigateur à travers un serveur distant, en cliquant sur ce bouton : Binder

Tableur

Si aucun tableur n’est déjà présent sur votre poste, LibreOffice Calc, tableur libre et gratuit, sera un excellent choix.

Éditeur de texte (optionel)

Un éditeur de texte avancé pourra être utile. Si vous n’en avez pas encore, Atom ou Sublime Text sont de bons choix, disponibles pour tous les systèmes d’exploitation (une très brève démonstration utilisant Sublime Text sera faite au début de la formation).

R

R est disponible pour tous les systèmes d’exploitation :

  • Linux : des instructions pour les distributions les plus courantes peuvent être trouvées sur le site officiel ;
  • Mac OS : des instructions détaillées sont là aussi disponibles sur le site officiel ; notez qu’il sera également nécessaire d’installer XQuartz et qu’il est conseillé d’installer également XCode ;
  • Windows : installer successivement le logiciel R (obligatoire), puis Rtools (facultatif, mais conseillé).

Pour la formation, nous aurons besoin d’une version récente de R (version 4.4.0 ou plus récente). Si vous avez déjà une version de R plus ancienne sur votre poste, il serait préférable de la désinstaller et d’installer la dernière version à la place.

Packages R

Installer des packages additionnels de R sera également nécessaire au cas où nous n’aurions pas une bonne connexion internet sur place. Pour ce faire, il suffit de copier-coller (en une seule fois) tout le contenu du bloc suivant dans une console R, puis de valider par la touche Entrée. Au préalable, assurez-vous d’être connecté à Internet.

install.packages(c("car", "corrplot", "geomorph", "lattice",
                   "rmarkdown", "tidyverse", "vegan"),
                 dep = TRUE, repos = "https://cran.wu.ac.at/")

Attention, l’installation peut prendre un certain temps.

Rstudio

Pour terminer, installer Rstudio, qui sera par défaut l’interface utilisée pendant la formation.

(Si vous disposez déjà d’une version ancienne de Rstudio sur votre poste, l’idéal serait d’installer la version la plus récente.)

Ressources externes

Sur R en général

  • Bien sûr, le site officiel de R !
  • Le livre An introduction to R et son site web compagnon
  • R Graph Gallery : un ensemble de codes R prêts à l’emploi pour la visualisation de données
  • The R inferno, un livre recensant un certain nombre de comportements étonnants et contre-intuitifs de R (qui sont autant de pièges pour l’utilisateur débutant… ou même averti !)

Sur la recherche reproductible (avec R et au-delà)